تم تأسيس مدرسة مرجعيون الوطنية في العام ١٩٤٦ بمبادرة من المرحوم فضلو الحوراني وذلك من خلال دمج المدرستين الأرثوذوكسية والإنجيلية، تحقيقا لحلمه بإنشاء مدرسة في بلدته، جديدة مرجعيون، التي كان قد ولد فيها في العام ١٨٧١، تقوم على القيم والمبادئ التي تلقنها منذ الصغر في مدرسته المحلية ومن ثم كطالب في الكلية السورية الإنجيلية والتي أصبحت فيما بعد الجامعة الأميركية في بيروت.

بدأت المدرسة الجديدة عملها في العام ١٩٤٦ من مقر المطرانية الأرثوذوكسية بإدارة القس حنا حردان والأستاذ شوقي الحداد كنائب للمدير، وهي بحسب قانونها الأساسي مؤسسة علمية مختلطة، لا طائفية ولا تتوخى الربح، يرعى شؤونها مجلس أمناء حائز على الترخيص من الحكومة اللبنانية في العام ١٩٥٤.

في العام ١٩٤٨ تولى الأستاذ لبيب غلمية إدارة المدرسة فنجح بفضل شخصيته الفذة في استقطاب الطلاب إليها من الكثير من المناطق اللبنانية بالإضافة إلى فلسطين وسوريا والعراق وأفريقيا، وقد تمكن مجلس الأمناء بمساعدة من مؤسسة فورد وبفضل الجهود التي بذلها المرحوم فضلو الحوراني لدى المهاجرين المرجعيونيين في الأميركيتين من بناء حرم مدرسي جديد يضم عشرة أبنية على أراض تم شراؤها من مالكيها في الوطن والمهجر.

في العام  ١٩٧٦، ونتيجة للحرب الأهلية اللبنانية، أغلقت المدرسة أبوابها بصورة مؤقتة لتفتح من جديد في العام ١٩٧٨ بإدارة الأستاذ موريس دبغي، والإهتمام المتواصل، ولو عن بعد، من الأستاذ لبيب غلمية. تابعت المدرسة عملها في ظروف صعبة في ظل الحرب الأهلية والإحتلال الإسرائيلي، وعلى الرغم من ذلك، ومن النقص في عدد المعلمين، نجح موريس دبغي في الحفاظ على المدرسة وإعادة تأهيل أبنيتها، ومن ثم تطويرها على مختلف الصعد، حتى تقاعده في العام ٢٠١٤، حين عين مجلس الأمناء الأستاذ عماد الخوري مديرا جديدا للمدرسة.